外源性DNA屬于生物制品工藝相關(guān)雜質(zhì)，對其含量進(jìn)行檢測可以確認(rèn)產(chǎn)品純化工藝是否合理，即能否有效去除外源DNA殘余；同時可確認(rèn)產(chǎn)品中雜質(zhì)含量是否符合標(biāo)準(zhǔn)要求，該檢測值是生物制品質(zhì)量控制的重要參數(shù)之一。

致癌性風(fēng)險：現(xiàn)存的主要致癌機(jī)制是引入的顯性致癌基因（如真核生物中廣泛存在的ras基因），通過直接轉(zhuǎn)化使得部分正常細(xì)胞分化為瘤性細(xì)胞。

免疫原性風(fēng)險：細(xì)菌基因組富含的CpG組分和未甲基化修飾的序列會刺激非特異性免疫反應(yīng)，增加免疫原性風(fēng)險。

致突變性風(fēng)險：哺乳動物細(xì)胞基因組中含有高拷貝數(shù)的轉(zhuǎn)座子，可通過異位重排改變基因組從而致突變。

美國藥典：規(guī)定成品中殘留DNA不高于10 ng/劑、長度不大于200 bp；

歐洲藥典：規(guī)定殘留DNA不超過10 ng/劑，具體可接受限度需由權(quán)威機(jī)構(gòu)批準(zhǔn)。

熒光染色法

應(yīng)用熒光染料picogreen與雙鏈DNA結(jié)合形成復(fù)合物，在480 nm激發(fā)光、520 nm接收光下檢測，在一定的DNA濃度范圍及熒光染料過量的條件下熒光強度與DNA濃度成正比，根據(jù)熒光強度計算樣本中DNA殘留量。

該方法操作簡單、成本低廉、無需純化DNA；純DNA條件下靈敏度為0.2 ng/ml，基質(zhì)中單鏈DNA和RNA對檢測影響較小，高濃度蛋白對檢測有干擾，故疫苗類產(chǎn)品經(jīng)方法學(xué)驗證后是可以使用的，但不適用于高劑量的蛋白類制品；該方法對各類DNA具有通用性，無需對不同類型DNA設(shè)計特異性探針，但也因其特異性差易受環(huán)境中DNA污染。

定量PCR法

對外源性DNA設(shè)計特異性引物和熒光標(biāo)記的探針，以反應(yīng)體系中熒光數(shù)值反映特異性擴(kuò)增產(chǎn)物量，當(dāng)反應(yīng)過程中熒光強度達(dá)到預(yù)設(shè)的閾值時，體系的PCR循環(huán)數(shù)與該體系所含有的起始DNA模板量的對數(shù)呈線性關(guān)系，依據(jù)DNA標(biāo)準(zhǔn)品測定樣本中外源性DNA殘留量。

該方法序列特異性強、靈敏度高（fg級）、重現(xiàn)性好，是中國藥典、美國藥典和歐洲藥典均推薦的方法；靶標(biāo)區(qū)域的選擇、引物和探針的特異性、DNA標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)量對方法的靈敏度和準(zhǔn)確度有較大影響，需針對不同外源性DNA開發(fā)特異的檢測體系和DNA標(biāo)準(zhǔn)品。

免疫閾值法

應(yīng)用單鏈DNA結(jié)合蛋白捕獲變性的單鏈DNA，然后用尿素酶標(biāo)記的抗-DNA抗體與結(jié)合的DNA反應(yīng)，以尿素酶水解尿素后溶液pH變化反應(yīng)體系中DNA含量，經(jīng)DNA標(biāo)準(zhǔn)品計算殘留DNA含量。

該方法靈敏度高（1-3 pg），有標(biāo)準(zhǔn)化操作流程，但依賴單鏈DNA結(jié)合蛋白和抗-DNA單克隆抗體兩種蛋白與DNA的結(jié)合，費用較高且需片段不小于600 bp。